عملية تحويل المسار تعد فعّالة لعلاج السمنة المفرطة، لكنها تحمل بعض المخاطر، ومنها:

1. مضاعفات جراحية: مثل النزيف أو العدوى أو تسرب من مكان التوصيل بين المعدة والأمعاء.

2. نقص الفيتامينات والمعادن: لأن العملية تقلل من امتصاص العناصر الغذائية، مما قد يؤدي لنقص فيتامينات مثل B12، والحديد، والكالسيوم، وبالتالي الحاجة لمكملات غذائية مدى الحياة.

3. متلازمة الإغراق (Dumping Syndrome): وهي حالة يتحرك فيها الطعام بسرعة من المعدة إلى الأمعاء، مما يسبب غثيانًا، وتعرقًا، ودوارًا، وإسهالًا.

4. انسداد الأمعاء: قد يحدث انسداد في الأمعاء بسبب التغيرات الجراحية، ويتطلب ذلك تدخلًا طبيًا.

5. زيادة خطر الإصابة بالحصوات المرارية: نتيجة الفقدان السريع للوزن.

6. الآثار الجانبية طويلة المدى: مثل قرحة المعدة، وانخفاض نسبة السكر في الدم، والإسهال المزمن.

ينبغي للمريض مناقشة هذه المخاطر مع الطبيب وتقييمها قبل اتخاذ القرار بإجراء العملية.

تعتبر نسبة نجاح عملية تحويل مسار المعدة عالية، حيث تتراوح نسبة النجاح بين 85% و 90%. يُقاس النجاح عادةً بفقدان 50% أو أكثر من الوزن الزائد خلال السنة الأولى بعد العملية، وكذلك بتحسن أو شفاء العديد من الأمراض المرتبطة بالسمنة مثل السكري من النوع الثاني،
وارتفاع ضغط الدم، وتوقف التنفس أثناء النوم.

مع ذلك، فإن النتائج تعتمد على التزام المريض بتغيير نمط الحياة، مثل اتباع نظام غذائي صحي وممارسة التمارين الرياضية بانتظام، إلى جانب المتابعة الطبية المستمرة لتجنب أي مضاعفات محتملة.